Art. 646. Roszczenia wynikające z umowy o dzieło przedawniają się z upływem
lat dwóch od dnia oddania dzieła, a jeżeli dzieło nie zostało oddane - od
dnia, w którym zgodnie z treścią umowy miało być oddane.

Nie bardzo rozumiem jaka tu wątpliwość. Przedawnienie dotyczy wszelkich
roszczeń, które wynikają z umowy. W szczególności roszczeniami o
odszkodowanie czy zapłatę kar umownych.